Resumo do Curso¶
Parabéns por concluir o curso de treinamento Nextflow for Genomics! 🎉
Sua jornada¶
Você começou executando ferramentas de chamada de variantes manualmente no terminal para entender a metodologia. Então construiu um pipeline Nextflow de amostra única para automatizar o processo, escalou-o para lidar com múltiplas amostras em paralelo e adicionou genotipagem conjunta de múltiplas amostras usando operadores de canal.
O que você construiu¶
- Um pipeline de chamada de variantes que recebe arquivos BAM como entrada e produz VCFs com chamadas conjuntas como saída.
- Três processos (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLEReGATK_JOINTGENOTYPING) armazenados em arquivos de módulo separados. - O pipeline escala automaticamente para qualquer número de amostras de entrada usando o paradigma de fluxo de dados do Nextflow.
- Os resultados são publicados em um diretório chamado
results/.
Habilidades adquiridas¶
Através deste curso prático, você aprendeu como:
- Escrever um fluxo de trabalho linear para aplicar chamada de variantes a uma única amostra
- Lidar com arquivos acessórios como arquivos de índice e recursos de genoma de referência de forma apropriada
- Aproveitar o paradigma de fluxo de dados do Nextflow para paralelizar a chamada de variantes por amostra
- Implementar chamada conjunta de múltiplas amostras usando operadores de canal relevantes Você está agora preparado para começar a aplicar Nextflow a fluxos de trabalho de análise genômica em seu próprio trabalho.
Próximos passos para aprimorar suas habilidades¶
Aqui estão nossas principais sugestões sobre o que fazer a seguir:
- Aplicar Nextflow a outros casos de uso de análise científica com Nextflow for Science
- Começar com nf-core através do Hello nf-core
- Explorar recursos mais avançados do Nextflow com as Side Quests
Por fim, recomendamos que você dê uma olhada no Seqera Platform, uma plataforma baseada em nuvem desenvolvida pelos criadores do Nextflow que facilita ainda mais o lançamento e gerenciamento de seus fluxos de trabalho, além de gerenciar seus dados e executar análises de forma interativa em qualquer ambiente.
Obtendo ajuda¶
Para recursos de ajuda e suporte da comunidade, consulte a página de Ajuda.
Pesquisa de feedback¶
Antes de prosseguir, por favor reserve um minuto para completar a pesquisa do curso! Seu feedback nos ajuda a melhorar nossos materiais de treinamento para todos.