Podsumowanie kursu¶
Gratulacje z okazji ukończenia kursu szkoleniowego Nextflow dla Genomiki! 🎉
Twoja droga¶
Zaczęłaś/-eś od ręcznego uruchamiania narzędzi do wykrywania wariantów w terminalu, aby zrozumieć metodologię. Następnie zbudowałaś/-eś pipeline Nextflow'a dla pojedynczej próbki, aby zautomatyzować proces, przeskalowałaś/-eś go do obsługi wielu próbek równolegle i dodałaś/-eś wielopróbkowe wspólne genotypowanie przy użyciu operatorów kanałów.
Co zbudowałaś/-eś¶
- Pipeline do wykrywania wariantów, który przyjmuje pliki BAM jako wejście i produkuje wspólnie wywołane pliki VCF jako wyjście.
- Trzy procesy (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLERiGATK_JOINTGENOTYPING) przechowywane w oddzielnych plikach modułów. - Pipeline automatycznie skaluje się do dowolnej liczby próbek wejściowych dzięki paradygmatowi przepływu danych Nextflow'a.
- Wyniki są publikowane do katalogu o nazwie
results/.
Zdobyte umiejętności¶
Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłaś/-eś się, jak:
- Napisać liniowy workflow, aby zastosować wykrywanie wariantów do pojedynczej próbki
- Odpowiednio obsługiwać pliki pomocnicze, takie jak pliki indeksu i zasoby genomu referencyjnego
- Wykorzystać paradygmat przepływu danych Nextflow'a do zrównoleglenia wykrywania wariantów per próbka
- Zaimplementować wielopróbkowe wspólne wywoływanie przy użyciu odpowiednich operatorów kanałów
Jesteś teraz wyposażona/-y, aby zacząć stosować Nextflow'a do workflow'ów analizy genomicznej we własnej pracy.
Następne kroki w rozwijaniu umiejętności¶
Oto nasze najlepsze sugestie, co robić dalej:
- Zastosuj Nextflow'a do innych przypadków użycia w analizie naukowej z Nextflow dla Nauki
- Rozpocznij pracę z nf-core dzięki Hello nf-core
- Odkryj bardziej zaawansowane funkcje Nextflow'a z Side Quests
Na koniec zalecamy zapoznanie się z Seqera Platform – platformą chmurową opracowaną przez twórców Nextflow'a, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie i zarządzanie workflow'ami, a także zarządzanie danymi i przeprowadzanie analiz interaktywnie w dowolnym środowisku.
Uzyskiwanie pomocy¶
W celu uzyskania zasobów pomocy i wsparcia społeczności zobacz stronę Pomocy.
Ankieta feedbackowa¶
Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać materiały szkoleniowe dla wszystkich.