유전체학을 위한 Nextflowcourse¶

과정 요약

실제 유전체학 사용 사례인 GATK를 사용한 변이 호출에 Nextflow를 적용하는 실습 과정입니다.

이 과정은 Hello Nextflow 초급 교육을 기반으로 하며, 유전체학 도메인의 특정 맥락에서 Nextflow를 사용하는 방법을 보여줍니다. 고처리량 시퀀싱 데이터를 분석하기 위해 널리 사용되는 소프트웨어 패키지인 GATK (Genome Analysis Toolkit)를 사용하여 변이 호출 파이프라인을 구현하게 됩니다.
추가 정보

기술 요구사항

GitHub 계정 또는 Nextflow 로컬 설치가 필요합니다. 자세한 내용은 환경 옵션을 참조하세요.
학습 목표
- 단일 샘플에 변이 호출을 적용하는 선형 workflow 작성하기
- 인덱스 파일 및 참조 유전체 리소스와 같은 보조 파일을 적절하게 처리하기
- Nextflow의 dataflow 패러다임을 활용하여 샘플별 변이 호출을 병렬화하기
- 관련 channel 연산자를 사용하여 다중 샘플 변이 호출 구현하기
대상 및 선수조건
- 대상: 이 과정은 데이터 분석 파이프라인을 개발하거나 맞춤화하려는 유전체학 및 관련 분야의 연구자를 위해 설계되었습니다.
- 기술: 명령줄, 기본 스크립팅 개념, 일반적인 유전체학 파일 형식에 대한 어느 정도의 친숙함을 가정합니다.
- 전제 조건: Hello Nextflow에서 다루는 기초적인 Nextflow 개념 및 도구

과정 개요¶

이 과정은 정보를 단계적으로 소개하도록 구성된 목표 지향적 연습을 통한 실습 과정입니다.

먼저 터미널에서 변이 호출 도구를 수동으로 실행하여 방법론을 이해한 다음, 분석을 자동화하고 확장하는 Nextflow 파이프라인을 점진적으로 구축하게 됩니다.

유전체학 사용 사례에 Nextflow를 적용하는 특정 측면에 각각 초점을 맞춘 세 부분으로 나누었습니다.

과정 챕터	요약	예상 소요 시간
Part 1: 방법 개요	변이 호출 방법론 이해 및 도구 수동 실행	30분
Part 2: 샘플별 변이 호출	BAM 파일을 인덱싱하고 변이를 호출하는 파이프라인 구축, 여러 샘플로 확장	60분
Part 3: 코호트에 대한 결합 호출	channel 연산자를 사용하여 샘플별 출력을 집계하는 다중 샘플 결합 유전자형 추가	45분

이 과정을 마치면 기초적인 Nextflow 개념과 도구를 일반적인 유전체학 사용 사례에 적용할 수 있게 됩니다.

과정을 시작할 준비가 되셨나요?