Orientamento - Trascrizione Video

Nota importante

Questa pagina mostra solo la trascrizione. Per le istruzioni complete passo dopo passo, tornate al materiale del corso.

Benvenuti

Ciao e benvenuti a Hello Nextflow. Mi chiamo Phil Ewels. Sono Product Manager per Open Source Software presso Seqera, l'azienda dietro Nextflow.

Questo corso è un'introduzione pratica alla costruzione di flussi di lavoro con Nextflow. È progettato per persone completamente nuove a Nextflow che vogliono sviluppare le proprie pipeline.

Gli esempi sono tutti semplici elaborazioni di testo, così potete concentrarvi sui concetti di Nextflow senza bisogno di competenze di dominio, solo una certa familiarità con la riga di comando.

Esamineremo le basi di Nextflow: scrivere processi, collegarli in flussi di lavoro multi-step, gestire le dipendenze software con i container e configurare le pipeline per diversi ambienti di calcolo. Alla fine, avrete costruito una pipeline funzionante da zero.

Questo corso si concentra sullo sviluppo di pipeline. Se volete solo eseguire pipeline esistenti senza entrare troppo nel codice, abbiamo un corso più breve "Nextflow Run" che potrebbe essere più adatto a voi.

Una volta che avrete acquisito le basi qui, abbiamo anche corsi di follow-up che applicano questi concetti ad analisi scientifiche reali. Vi insegneremo come usare le pipeline e le best practice della comunità nf-core.

Se rimanete bloccati, dirigetevi su community.seqera.io. C'è un forum della comunità attivo con una sezione dedicata proprio alle domande sulla formazione. Potete usarlo in qualsiasi momento, tuttavia organizziamo anche settimane di formazione trimestrali con persone disponibili specificamente per aiutare. Quindi se state facendo la formazione durante una di quelle, non siate assolutamente timidi e chiedete aiuto.

Potete anche provare a chiedere aiuto a Seqera AI. È ottimo nello spiegare il codice Nextflow e nell'aiutarvi con il debugging.

Quando siete pronti a eseguire Nextflow su larga scala, Seqera Platform è il posto migliore per farlo. Funziona sulla vostra infrastruttura senza alcun vendor lock-in, con tutto dal lancio delle pipeline al monitoraggio in tempo reale, agli ambienti di analisi interattivi. Ma per ora, concentriamoci solo sui fondamenti.

Bene, iniziamo.

training.nextflow.io

Okay. La prima cosa da notare è che tutti i corsi di formazione su training.nextflow.io sono molto interattivi. L'idea è che seguiate il materiale di formazione e le mie istruzioni, e percorriamo insieme il materiale di formazione. Quindi avrete bisogno di due cose: il vostro laptop e questo sito web aperto. E questo è praticamente tutto.

Questa è la homepage come appare oggi mentre registro questo. Potete vedere che c'è una panoramica delle diverse cose, lo sfondo e i diversi corsi che abbiamo, la cui lista sta crescendo continuamente.

Nextflow for newcomers è dove siamo. Ci sono due corsi qui dentro, Nextflow Run, che è un corso diverso, e Hello Nextflow, che è quello che ci interessa.

E potete anche vedere tutti i diversi corsi nella barra laterale. Posso passare a Hello Nextflow e possiamo vedere tutti i diversi capitoli che lavoreremo insieme.

Ci sono un paio di altre cose importanti da notare qui. Innanzitutto, il materiale di formazione è versionato, quindi potete vedere qui in alto. Dice 3.0 latest, che al momento della registrazione è la versione stabile più recente. Questo cambierà nel tempo. Pubblichiamo nuovi corsi e aggiorniamo il materiale nel tempo. Quindi se è 3.1 o 3.2, non preoccupatevi troppo. Se è 4.0, allora probabilmente c'è un nuovo video, e dovreste forse andare a cercarlo perché probabilmente ci saranno aggiornamenti significativi.

Un altro menu a tendina in alto è questo, quello della lingua. Ora questo è completamente nuovo per la versione 3.0. Abbiamo preso il materiale precedentemente tradotto, che era stato fatto da esseri umani, a mano, e l'abbiamo passato in un LLM e abbiamo configurato tutta questa nuova infrastruttura per mantenere diverse traduzioni del materiale di formazione usando la traduzione LLM.

Quindi ora abbiamo tutte queste fantastiche traduzioni qui. Quindi se volete seguire in coreano, potete caricare l'intero sito web in coreano. E seguire lì. Lo stesso per tutte queste altre lingue, hindi e tedesco e così via. Io seguirò in inglese. È come la lingua primaria in cui scriviamo il materiale.

Un paio di altri pulsanti se vi piace avere la modalità chiara. Invece di quella modalità, potete seguire il sito web in modalità chiara in alto qui.

E poi anche tutto ciò che guardiamo è in un singolo repository GitHub, che è open source, chiamato nextflow-io/training. E se cliccate questo pulsante in qualsiasi momento, vi porterà al repository GitHub. Ci torneremo tra un minuto.

Configurazione di GitHub Codespaces

Okay, quindi ora avete questo aperto nella scheda del browser. Andiamo a Hello Nextflow e clicchiamo dentro. Potete vedere nella pagina introduttiva, ci dice alcuni dei requisiti, la panoramica e il piano della lezione di circa ciò che copriremo, e poi ci immergeremo nell'iniziare.

Ci sono diversi modi per fare questo tutorial interattivo. Se vi fa piacere, siete i benvenuti a farlo localmente sul vostro computer con la vostra installazione di Nextflow. Se clicchiamo su Environment Options, potete vedere che ci sono più dettagli su come farlo usando Devcontainer locale o potete anche semplicemente installare tutto il software localmente, con installazione manuale.

Stiamo lavorando per far funzionare questo bene con Seqera Studios, quindi questa è un'altra opzione. Ma quella più comune in questo momento è usare GitHub Codespaces.

Codespaces configura un ambiente sandbox su un server remoto gestito da GitHub. Ed è gratuito per una certa quantità di utilizzo, che di solito va bene per la formazione. E vi configurerà un'istanza di VS Code, un IDE dove potete accedere a tutti i file dal repository, eseguire Nextflow e tutto. E abbiamo pre-configurato Codespaces per voi. Quindi ha tutto ciò di cui avete bisogno.

La bellezza di questo è che basta un clic per configurare un Codespace. È lo stesso per tutti, e sappiamo che avete già installato tutti i prerequisiti, quindi è bello e veloce.

Quindi la prima cosa da fare è andare su "Getting Started". Cercate questo pulsante, che dice Open in Codespaces. Farò command + clic per aprirlo in una nuova scheda, e ci porta a GitHub.

Questo è come appare. Possiamo vedere, abbiamo impostato tutte le opzioni qui per voi. Se volete, potete cliccare su change options. Alcune cose che potete fare qui. Potete dare una macchina istanza più grande, per esempio, se scoprite che crasha perché finisce la memoria o cose del genere. O impostare versioni specifiche del materiale di formazione. Ma di solito potete semplicemente andare con ciò che abbiamo configurato qui e potete vederlo. In questo caso sta usando la release 3.0.

Quindi cliccherò su create new Codespace. E questo mi porta dentro.

Notate anche, dice no Codespace to resume lì. Se ho precedentemente creato un Codespace, cliccando di nuovo quel pulsante sul materiale di formazione mi porterà alla stessa pagina e elencherà tutti i Codespaces che ho già in esecuzione. Allora potete semplicemente saltare direttamente in essi e continuare da dove avete lasciato. Quindi non importa se avete chiuso il vostro laptop.

Si spengono automaticamente dopo pochi minuti di inattività, ma non è un problema. Potete semplicemente riavviarli.

Una volta avviato un nuovo Codespace, rimarrà su questa pagina così e caricherà per un bel po'. Quindi ora è un buon momento per fare una breve pausa. Forse avete dimenticato di andare in bagno o volete una tazza di tè prima di iniziare? Andate ora mentre aspettate questo, perché rimarrà lì a girare per un po'.

Velocemente mentre aspettiamo che carichi, andrò anche su github.com/codespaces e mostrerò questa è la pagina panoramica dove potete vedere tutti i diversi Codespaces che avete attualmente in esecuzione.

Potete vedere che ne ho uno qui per nextflow-io/training. Nessuna modifica, perché non ci ho ancora fatto nulla. La quantità di risorse che sta usando, e potete vedere al momento si sta configurando. Posso andare qui, cliccare questo piccolo menu a tendina e cliccare delete. Quindi se accidentalmente configurate più Codespaces e non ne state usando alcuni, potete eliminare quelli vecchi e fare pulizia.

Infine, un altro modo per arrivare qui. Se andiamo al repository GitHub. E questo funziona per qualsiasi repository GitHub. Cliccare code. Avete comandi per clonare il repository localmente. E c'è una scheda chiamata Codespaces. E di nuovo, potete crearne uno nuovo, e potete vedere quelli che sono già in esecuzione.

Quindi di nuovo, se dimenticate come avete creato il vostro Codespace, potete sempre tornarci in questo modo.

L'interfaccia di VS Code

Okay, i builder hanno finito e ora sta iniziando a caricare GitHub Codespaces. Non ci vuole sempre così tanto, quindi non preoccupatevi. È solo la prima volta che create il Codespace. Se saltate di nuovo in uno che esiste già, è molto più veloce.

Non siate troppo impazienti se questa è la prima volta, non ha ancora finito, anche se sta iniziando a darci un'interfaccia.

Ma mentre aspettiamo che le cose finali siano configurate, vi guiderò attraverso l'interfaccia nel caso non abbiate molta familiarità con VS Code.

Innanzitutto, c'è la barra laterale della chat per le cose AI, che non ci serve. Quindi la chiuderò, me ne libererò e libererò un po' di spazio.

Sulla sinistra, abbiamo l'esploratore file che ci mostra tutti i file nel repository Git, che è il workspace che abbiamo creato. Notate, questi non sono file locale. Questo è tutto sul server remoto dove stiamo lavorando. Potete trascinare e rilasciare file locale e cose del genere, ma per la maggior parte, non ci penseremo oggi. Stiamo solo lavorando puramente in remoto.

Ci sono altri strumenti in questa barra laterale, per esempio, ricerca. Quindi potete cercare tutti i file in un repository in una volta. E se stessimo facendo lavoro di sviluppo sul repo di formazione, potremmo fare integrazione con il controllo sorgente con Git e debugging e altre cose.

Altre cose sono, c'è una finestra principale di editing del codice qui in alto, che ha appena caricato un'anteprima del readme, che è per il materiale di formazione. Quindi in questo caso sta visualizzando markdown, ma normalmente questo sarà un editor di codice.

E poi sotto quello abbiamo il terminale, che è dove eseguiremo tutti i nostri comandi e interagiremo direttamente con Nextflow.

Tutto nel Codespace è pre-installato, quindi il comando Nextflow è già lì e così via.

Okay. Quando arrivate fin qui, dovrebbe essere quasi finito. Potete vedere ora ha scaricato il Nextflow language server e ha configurato alcune estensioni per noi in VS code, inclusa l'estensione Nextflow, che sarà utile. Quindi posso chiudere quello e posso chiudere il README.md.

E ora potete vedere che ho di più sulla sinistra. Sono un po' ingrandito qui, ma se riduco lo zoom potete vedere che uno dei pulsanti dice Nextflow con l'icona Nextflow. E ha alcune cose interessanti qui dentro per esplorare il progetto e cose del genere, a cui torneremo più tardi.

Okay. nel caso perdiate mai uno di questi pannelli, questi pulsanti in alto a destra sono davvero utili e questi semplicemente mostrano e nascondono le cose. Quindi quello mostra e nasconde l'Explorer mostra e nasconde il terminale in basso. E così via.

Userò questi abbastanza spesso perché sono molto ingrandito, quindi cercherò di aiutarvi a vedere tutto il testo sul mio schermo, ed è utile poter andare a schermo intero con il terminale e poi nasconderlo quando stiamo guardando il codice. Ma la maggior parte del tempo potete semplicemente avere tutte queste cose aperte allo stesso tempo.

Okay, cos'altro guardare? Non troppo altro. Notate che Nextflow, come dico, è installato. Quindi posso digitare "nextflow -version" e dovrebbe venire su dicendo quale versione abbiamo installato.

C'è anche altro software installato qui. Alla fine di ogni capitolo, abbiamo un set di domande quiz, per esempio, sul sito web. E potete anche farle nel terminale se volete digitando quiz.

Ci sono altre scorciatoie da tastiera che userò, giusto nel caso siate curiosi. Per esempio, proprio allora ho premuto cmd+K sul mio Mac e quello ha pulito il terminale, per sbarazzarsi di tutto l'output precedente. Quindi è bello per mantenere le cose pulite. Se mi vedete farlo è così che lo faccio.

E anche se siete nuovi al terminale, ricordate che potete usare tab per completare automaticamente, che userò molto per completare automaticamente i percorsi.

Quindi posso vedere sulla sinistra qui c'è una cartella chiamata Hello Nextflow, che è quella su cui lavoreremo. Se faccio "ls" per elencare i file, posso fare "hel", premere tab, completa automaticamente. E quindi questo è un modo molto veloce per completare i percorsi.

Aprire solo la cartella Hello Nextflow

Okay. Questo è fantastico. C'è molta roba in questo repository però.

Ci sono tutti i file per generare il sito web, e ci sono più corsi diversi qui dentro, e potete farlo da questa route e semplicemente cliccare nella cartella "Hello Nextflow". Ma è bello effettivamente concentrarsi puramente su questo.

Potete impostare questo come il vostro workspace con un po' di clic qui intorno e impostare una directory di progetto e roba del genere. Ma il modo più semplice è digitare code, che è il comando CLI per lanciare VS Code, e poi "hello-nextflow".

Questo aprirà una nuova scheda del browser e potete chiudere quella vecchia. E sembra esattamente lo stesso. Ma ora potete vedere che siamo in questa subdirectory e tutti gli altri file sono invisibili, e abbiamo una configurazione più pulita.

Potete vedere qui che anche la directory di lavoro corrente è ora all'interno della cartella Hello Nextflow. Quindi bello e pulito. Non dobbiamo preoccuparci di essere nel posto sbagliato. Okay.

Nuova Sintassi Nextflow per il 2026

C'è una cosa speciale che devo menzionare a questo punto. In questo momento, all'inizio del 2026, stiamo iniziando a introdurre diverse funzionalità in Nextflow, e una delle grandi novità è un nuovo parser di sintassi del linguaggio all'interno di Nextflow.

Fondamentalmente il motore che legge i vostri file Nextflow e li comprende, per il runtime. Ci sono alcune modifiche alla sintassi, ed è davvero importante che usiate Nextflow con il parser di sintassi corretto abilitato.

Due cose vi servono per questo. Avete bisogno di una versione aggiornata di Nextflow e dovete assicurarvi che sia abilitata.

Se faccio di nuovo "nextflow -version", vedrete che il Codespace sta eseguendo con 25.10.2 e 25.10 è la versione minima per poter usare questa roba.

Se state usando 26.04, che per me non è ancora uscita, ma uscirà presto. Allora questa eseguirà il nuovo parser di sintassi per impostazione predefinita, e non dovete fare nient'altro.

Ma se state eseguendo 25.10, dovete abilitare il parser di sintassi strict, come viene chiamato, o parser di sintassi v2.

Questo viene fatto con una variabile d'ambiente. È già impostata nel Codespaces, quindi non dovete fare nulla. Ma se state eseguendo localmente, dovete impostare questo, e posso verificare questo facendo "echo $NXF_SYNTAX_PARSER", e dovrebbe essere impostato su v2.

Quindi se state eseguendo localmente, fate semplicemente "export NXF_SYNTAX_PARSER=v2". Semplice così. Ma ricordatevi di farlo. Perché altrimenti vedrete alcune strane discrepanze ed errori mentre procediamo.

Se avete qualsiasi dubbio su questa roba intorno alla versione Nextflow e al parser di sintassi, innanzitutto, ricordate, non dovete preoccuparvi se siete in Codespaces. Tutto dovrebbe essere configurato correttamente. Ma in secondo luogo, se andate sul materiale di formazione Nextflow, se scendete giù, parlate dei requisiti di versione, c'è un link qui che vi porta alla pagina di aiuto sulle versioni di esplorazione, e questo tipo di passa attraverso tutto in dettaglio.

Vale la pena leggere questo se avete un momento. Perché aiuta a chiarire quali sono alcuni dei diversi termini, che potreste sentire quando iniziate a usare Nextflow. Cose come DSL1, DSL2, parser di sintassi uno, parser di sintassi due, e così via. Quindi vale la pena dare un'occhiata a quello e che ripete un po' di quello che ho appena detto.

È anche davvero utile se avete precedentemente scritto codice Nextflow e state tornando per un ripasso. Vi dice alcune delle cose che cambiano e vi collega alle parti della documentazione Nextflow, che vi dice come aggiornare il vostro codice Nextflow.

File del corso

Okay. Ultima cosa per familiarizzare è solo vedere i file, che sono in questa directory. Potete guardare nella barra laterale o spesso nel materiale di formazione, usiamo il comando tree, -L, che è il numero di livelli in cui guardare. Diremo due, e se faccio questo a schermo intero, vedrete questo sostanzialmente rispecchia esattamente ciò che vediamo sulla barra laterale lì, ma esclude i file nascosti, che iniziano con un punto.

Quindi i file *.nf, sta per Nextflow. Quindi questi sono i file script Nextflow, e c'è un file starter qui per ciascuno dei diversi capitoli del materiale di formazione, che apriremo ed esploreremo e poi modificheremo.

Modificheremo questi file mentre procediamo, e quindi entro la fine di ogni capitolo, i file dovrebbero apparire praticamente uguali all'inizio del capitolo per quello successivo. Ma vi diamo questi diversi file così potete sempre ricominciare da capo e non preoccuparvi troppo di rovinare la sintassi.

Se dovete confrontare con qualcosa che dovrebbe funzionare definitivamente. Potete controllare nella cartella solutions, e questo è come uno stato finale per ciascuno dei capitoli, così potete confrontare ciò che avete scritto con ciò che c'è lì.

C'è una directory data. Questa ha solo un file greetings.csv, che useremo come dati di input di esempio in parte del corso, e cose come un file di config e alcuni parametri, che descriveremo più avanti nel corso.

Conclusione

Okay, quindi ora si spera che tutto stia funzionando. Il vostro schermo sembra uguale al mio e capite come accedere a tutto e cosa sono tutti i diversi file.

Se scorrete verso il basso fino alla fine della pagina su getting started, una piccola casella di controllo dovreste dire che capisco cosa sto facendo. Il mio ambiente è attivo e funzionante e siete impostati, state lavorando nella directory impostata correttamente sulla cartella "Hello Nextflow".

Se avete spuntato tutti quelli e sembrano verdi. Possiamo continuare al prossimo video e al prossimo capitolo, che è parte uno. Hello World. Ci vediamo tra un momento.