कोर्स सारांश¶
Nextflow For Genomics प्रशिक्षण कोर्स पूरा करने पर बधाई! 🎉
तुम्हारी यात्रा¶
तुमने वेरिएंट कॉलिंग टूल्स को मैन्युअली टर्मिनल में चलाकर शुरुआत की ताकि कार्यप्रणाली को समझ सको। फिर तुमने प्रक्रिया को स्वचालित करने के लिए एक सिंगल-सैंपल Nextflow पाइपलाइन बनाई, इसे कई नमूनों को समानांतर में संभालने के लिए स्केल किया, और channel ऑपरेटरों का उपयोग करके मल्टी-सैंपल जॉइंट जीनोटाइपिंग जोड़ी।
तुमने क्या बनाया¶
- एक वेरिएंट कॉलिंग पाइपलाइन जो इनपुट के रूप में BAM फ़ाइलें लेती है और आउटपुट के रूप में जॉइंट-कॉल्ड VCF उत्पन्न करती है।
- तीन प्रोसेस (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLER, औरGATK_JOINTGENOTYPING) जो अलग-अलग मॉड्यूल फ़ाइलों में संग्रहीत हैं। - पाइपलाइन Nextflow के डेटाफ़्लो प्रतिमान का उपयोग करके किसी भी संख्या में इनपुट नमूनों के लिए स्वचालित रूप से स्केल करती है।
- परिणाम
results/नामक डायरेक्टरी में प्रकाशित होते हैं।
प्राप्त कौशल¶
इस हैंड्स-ऑन कोर्स के माध्यम से, तुमने यह सीखा है कि कैसे:
- एक सिंगल सैंपल पर वेरिएंट कॉलिंग लागू करने के लिए एक रैखिक वर्कफ़्लो लिखें
- इंडेक्स फ़ाइलों और रेफरेंस जीनोम संसाधनों जैसी सहायक फ़ाइलों को उचित रूप से संभालें
- प्रति-नमूना वेरिएंट कॉलिंग को समानांतर बनाने के लिए Nextflow के डेटाफ़्लो प्रतिमान का लाभ उठाएं
- संबंधित channel ऑपरेटरों का उपयोग करके मल्टी-सैंपल जॉइंट कॉलिंग को लागू करें
अब तुम अपने खुद के काम में जीनोमिक्स विश्लेषण वर्कफ़्लो में Nextflow को लागू करना शुरू करने के लिए तैयार हो।
अपने कौशल को बढ़ाने के लिए अगले कदम¶
यहाँ हमारी शीर्ष सिफारिशें हैं कि आगे क्या करना है:
- Nextflow for Science के साथ अन्य वैज्ञानिक विश्लेषण उपयोग के मामलों में Nextflow लागू करें
- Hello nf-core के साथ nf-core के साथ शुरुआत करें
- Side Quests के साथ अधिक उन्नत Nextflow सुविधाओं का अन्वेषण करें
अंत में, हम सुझाव देते हैं कि तुम Seqera Platform पर एक नज़र डालो, Nextflow के निर्माताओं द्वारा विकसित एक क्लाउड-आधारित प्लेटफ़ॉर्म जो तुम्हारे वर्कफ़्लो को लॉन्च और प्रबंधित करना, साथ ही तुम्हारे डेटा को प्रबंधित करना और किसी भी वातावरण में इंटरैक्टिव रूप से विश्लेषण चलाना और भी आसान बनाता है।
मदद प्राप्त करना¶
मदद संसाधनों और समुदाय सहायता के लिए, Help पेज देखें।
फीडबैक सर्वेक्षण¶
आगे बढ़ने से पहले, कृपया कोर्स सर्वेक्षण को पूरा करने के लिए एक मिनट का समय निकालें! तुम्हारा फीडबैक हमें सभी के लिए अपनी प्रशिक्षण सामग्री को बेहतर बनाने में मदद करता है।