जीनोमिक्स के लिए Nextflow

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एक व्यावहारिक पाठ्यक्रम जो Nextflow को वास्तविक दुनिया के जीनोमिक्स उपयोग के मामले में लागू करता है: GATK के साथ variant calling।

यह पाठ्यक्रम Hello Nextflow शुरुआती प्रशिक्षण पर आधारित है और यह प्रदर्शित करता है कि जीनोमिक्स डोमेन के विशिष्ट संदर्भ में Nextflow का उपयोग कैसे करें। तुम GATK (Genome Analysis Toolkit) के साथ एक variant calling pipeline लागू करोगे, जो high-throughput sequencing डेटा के विश्लेषण के लिए व्यापक रूप से उपयोग किया जाने वाला software package है।

पाठ्यक्रम का अवलोकन

यह पाठ्यक्रम व्यावहारिक है, जिसमें लक्ष्य-उन्मुख अभ्यास हैं जो जानकारी को क्रमिक रूप से प्रस्तुत करने के लिए संरचित हैं।

तुम पहले methodology को समझने के लिए terminal में manually variant calling tools चलाओगे, फिर धीरे-धीरे एक Nextflow pipeline बनाओगे जो विश्लेषण को स्वचालित और स्केल करती है।

पाठ योजना

हमने इसे तीन भागों में विभाजित किया है जो प्रत्येक जीनोमिक्स उपयोग के मामले में Nextflow को लागू करने के विशिष्ट पहलुओं पर ध्यान केंद्रित करते हैं।

पाठ्यक्रम अध्याय	सारांश	अनुमानित अवधि
Part 1: Method overview	Variant calling methodology को समझना और tools को manually चलाना	30 मिनट
Part 2: Per-sample variant calling	एक pipeline बनाना जो BAM फ़ाइलों को index करती है और variants को call करती है, फिर कई नमूनों तक स्केल करना	60 मिनट
Part 3: Joint calling on a cohort	Channel operators का उपयोग करके multi-sample joint genotyping जोड़ना ताकि per-sample outputs को aggregate किया जा सके	45 मिनट

इस पाठ्यक्रम के अंत तक, तुम एक विशिष्ट जीनोमिक्स उपयोग के मामले में बुनियादी Nextflow अवधारणाओं और टूलिंग को लागू कर सकोगे।

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