Resumen del curso¶
¡Felicitaciones por completar el curso de entrenamiento Nextflow para Genómica! 🎉
Tu recorrido¶
Comenzaste ejecutando herramientas de llamado de variantes manualmente en la terminal para comprender la metodología. Luego construiste un pipeline de Nextflow para una sola muestra para automatizar el proceso, lo escalaste para manejar múltiples muestras en paralelo y agregaste genotipado conjunto de múltiples muestras usando operadores de canal.
Lo que construiste¶
- Un pipeline de llamado de variantes que toma archivos BAM como entrada y produce VCFs con llamados conjuntos como salida.
- Tres procesos (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLERyGATK_JOINTGENOTYPING) almacenados en archivos de módulo separados. - El pipeline escala automáticamente a cualquier número de muestras de entrada usando el paradigma de flujo de datos de Nextflow.
- Los resultados se publican en un directorio llamado
results/.
Habilidades adquiridas¶
A través de este curso práctico, aprendiste cómo:
- Escribir un workflow lineal para aplicar llamado de variantes a una sola muestra
- Manejar archivos accesorios como archivos de índice y recursos del genoma de referencia apropiadamente
- Aprovechar el paradigma de flujo de datos de Nextflow para paralelizar el llamado de variantes por muestra
- Implementar llamado conjunto de múltiples muestras usando operadores de canal relevantes
Ahora estás equipado para comenzar a aplicar Nextflow a workflows de análisis genómico en tu propio trabajo.
Próximos pasos para desarrollar tus habilidades¶
Aquí están nuestras principales sugerencias sobre qué hacer a continuación:
- Aplica Nextflow a otros casos de uso de análisis científico con Nextflow para Ciencia
- Comienza con nf-core con Hello nf-core
- Explora características más avanzadas de Nextflow con las Side Quests
Finalmente, te recomendamos echar un vistazo a Seqera Platform, una plataforma basada en la nube desarrollada por los creadores de Nextflow que facilita aún más el lanzamiento y la gestión de tus workflows, así como gestionar tus datos y ejecutar análisis de forma interactiva en cualquier entorno.
Obtener ayuda¶
Para recursos de ayuda y soporte de la comunidad, consulta la página de Ayuda.
Encuesta de comentarios¶
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